Después de su histórico ascenso en la temporada 10/11 y su posterior permanencia de la mano del actual técnico del Hertha BSC Jos Luhukay, el FCA decidió apostar por un técnico desconocido tras la marcha del técnico holandés a la capital alemana. Ese entrenador se llama Markus Weinzierl un técnico con poca experiencia en el mundo de los banquillos donde sólo había entrenado al Jahn Regensburg durante casi cuatro temporadas logrando subir al cuadro bávaro a la 2. Bundesliga en la 11/12.
En su debut, el técnico bávaro logró la permanencia matemática de los Fuggerstädter en la última jornada en una sufrida temporada donde el FCA tras sumar nueve puntos en la primera vuelta parecía estar condenado al descenso pero tras luna gran segunda vuelta y gracias a las incorporaciones de jugadores como Dong Won-Ji o André Hahn y los goles de Mölders y de Tobias Werner lograron la permanencia matemática en la última jornada evitando el duelo de promoción. En su tercera temporada, los de Markus Weinzierl lograron su mejor campaña en la Bundesliga donde llegaron a pelear hasta la última jornada por entrar en la Europa League quedando en octava posición con 52 puntos. Actualmente el FCA ocupa por primera vez en su corta trayectoria en la Bundesliga la cuarta plaza finalizada la 13ª jornada siendo el único equipo que aún no conoce lo que es empatar en esta temporada donde su máximo goleador es un defensa, el capitán Paul Verghaegh con cinco goles anotados todos ellos de penalti. Solo Crisitano Ronaldo ha anotado más goles desde los once metros que el defensa holandés.
Además de Markus Weinzierl, uno de los principales artífices de la situación actual del cuadro suabo es la del director deportivo Stefan Reuter por como ha ido conformando la plantilla desde su llegada a finales de diciembre de 2012 aprovechando los pocos recursos del club bávaro para poder competir contra rivales más fuertes como lo están haciendo clubes como el Freiburg, Mainz o el Paderborn. La redacción de Sport Bild votó a Stefan Reuter como el mejor mánager de la Bundesliga la temporada pasada por delante de Christian Heidel (Mainz) y Horst Heldt (S04).
La excelente racha del FCA viene dado por diversos factores: además de la configuración de la plantilla llevada a cabo por el binomino Weinzierl-Reuter, la búsqueda de jugadores en ligas inferiores y hacer el club un atractivo escaparate de cara la galería.
A pesar de las bajas sufridas este verano donde se fueron jugadores como el máximo goleador del equipo la pasada temporada con 12 goles André Hahn, un jugador que vino desde la 3. Liga del Kickers Offenbach por 250 mil euros para ser traspasado al Borussia Mönchengladbach por 2.25 millones de euros, Kevin Vogt (1. FC Köln) o el lateral Matthias Ostrzolek (HSV), el FCA ha podido mantener a sus jugadores clave como Callsen-Bracker, Klavan, Verhaegh, Tobias Werner o Baier además de reforzarse con jugadores como el lateral zurdo ghanés Baba (uno de los mejores jugadores jóvenes de la pasada 2. Bundesliga con el Greuther Fürth), el veterano Markus Feulner, el delantero del Mainz Shawn Parker o el delantero esloveno Tim Matavz que se ha convertido en el fichaje más caro de la historia del club tras pagar el equipo de la Fuggerstadt cuatro millones de euros al PSV Eindhoven .
La continuidad del proyecto del FCA está asegurada tras las renovacones de Markus Weinzierl hasta junio de 2017 y Stefan Reuter hasta junio de 2018. A pesar del gran momento del Augsburg es difícil saber lo que pasará de aquí al final de temporada dependiendo de las lesiones que pueda tener el equipo (el club va a perder para este mes a jugadores como el guardameta Hitz o el delantero Matavz aunque el esloveno no era habitual en el once de Weinzierl así como se espera la vuelta de Shawn Parker o Jan Moravek), los bávaros llevan acumulados 21 puntos de cara a una permanencia que la temporada pasada se cifró en 32 puntos. Quien sabe si este año volverán a pelear hasta el último momento por entrar en puestos que den derecho a competición europea apartando así el sufrimiento en sus dos primeras temporadas bundesligueras.
